Spillerne starter med et lille ark, som de gradvist udvider og forbedrer ved hjælp af forskellige aktioner. Målet er at skabe et zoologisk haven, der er både rentabelt og bæredygtigt, samtidig med at man overholder dyrevelfærdsstandarder og vinder point på forskellige måder.
En af de mest interessante mekanismer i Ark Nova er action selection, hvor spillerne skal vælge handlinger, som vil forme deres udvikling af dyreparken. På brættet er der et udvalg af handlinger, som giver spillerne mulighed for at tilføje nye dyr, bygge faciliteter, tiltrække sponsorer eller forbedre de eksisterende faciliteter. Spillerne vælger deres handlinger ved hjælp af et kortbaseret system, der betyder, at de skal tilpasse sig den aktuelle situation og vælge de bedste kort til de udfordringer, de står overfor.
Deckbuilding er en central mekanik i spillet, hvor spillerne samler kort, der repræsenterer dyr, udstyr og begivenheder. Hvert kort har specifikke krav for at blive spillet og bidrager med ressourcer som penge, dyrevelfærdsindeks eller forskningspoint. Spillerne skal bygge deres dæk på en måde, der passer til deres strategi, hvilket gør spillet dybt og krævende, da man skal overveje, hvordan man bedst samler og spiller sine kort.
En vigtig del af spillet er dyrevelfærd, som kræver, at spillerne investerer i at opfylde dyrenes behov og skabe et habitat, der er passende for de dyr, de placerer i parken. Dette giver en interessant moral dimension til spillet, da spillere kan vælge at fokusere på dyrevelfærd frem for økonomisk gevinst. Spillere, der forsømmer dyrevelfærden, risikerer at miste point eller blive straffet på andre måder.
Ark Nova er også bemærkelsesværdig for sine mange strategiske muligheder. Der er ikke en enkelt løsning på, hvordan man bygger den bedste dyrepark. I stedet er der mange forskellige måder at opnå succes på, og spillere skal tage hensyn til deres egne kort, hvad deres modstandere gør, og hvordan de bedst udnytter de aktioner, de har til rådighed. Spillets fleksibilitet i forhold til strategi gør det til et spil, der tilbyder nye udfordringer ved hvert spil.
Selv om spillet er relativt langt og kan virke komplekst for nye spillere, er det den slags spil, der belønner dedikation og gentagne spil, da spillerne gradvist lærer de forskellige systemer og opbygger en dybere forståelse af de bedste strategier.